Однако, есть и свои недостатки и ограничения, в сравнении с полноразмерными системными блоками настольных компьютеров: высокая цена, низкая максимальная производительность, ограниченность модернизации и нередко встречающиеся проблемы совместимости с некоторыми операционными системами и программами. Также, прямым следствием главного преимущества (мобильности), являются такие недостатки как функциональность и качество встроенных компонентов и повышенный риск поломки.

Встроенные в ноутбук дисплей, устройства ввода (клавиатура и тачпад), колонки, камера зачастую менее функциональны и удобны в использовании, чем их аналоги в настольном ПК. Однако, хочется заметить, что названные недостатки встроенных компонентов в той или иной мере свойственны для большинства мобильных устройств и их можно легко компенсировать подключением внешних аналогов (монитора, клавиатуры, компьютерной мыши, колонок).

Мобильность ноутбуков порождает еще одну проблему - более высокий риск поломки по вине пользователя. Очень распространены такие случаи, как падение ноутбука, поломка экрана (матрицы) ноутбука, а также крышки дисплея ноутбука при закрывании (при попадании постороннего предмета между крышкой и клавиатурой), повреждение жидкостью (в этом случае из строя может выйти весь ноутбук, в то время как на обычном компьютере сломается лишь клавиатура).